A coordenação das atividades do PROFIAP é feita pelo Comitê Gestor Nacional, pela Comissão Acadêmica Nacional e pelas Comissões Acadêmicas Locais, responsáveis pelo gerenciamento do curso em três níveis. Os membros do Comitê Gestor Nacional e da Comissão Acadêmica Nacional têm mandato de três anos, permitida uma recondução subsequente.
Profa. Dra. Teresa Cristina Janes Carneiro (UFES)/UFMS)
Prof. Dr. Marcelo Augusto Santos Turine (Reitor UFMS)
Prof. Dr. George Lauro Ribeiro de Brito (UFT)
Prof. Dr. Abel Dionizio Azaredo (UTFPR)
Prof. Dr. Alexandre Rabelo Neto (UFPI)
Prof. Dr. Alessandro Gustavo Souza Arruda (UFMS)
Prof. Dr. Marcos Tanure Sanabio (UFJF)
Prof. Dr. Marcos José Salgado Vital (UFRR/ representante do COPROPI)