A coordenação das atividades do PROFIAP é realizada pelo Comitê Gestor Nacional, pela Comissão Acadêmica Nacional e pelas Comissões Acadêmicas Locais, responsáveis pelo gerenciamento do curso em três níveis. Os membros do Comitê Gestor Nacional e da Comissão Acadêmica Nacional têm mandato de três anos, permitida uma recondução subsequente.
Presidente do Comitê Gestor

Profa. Dr. Marcos Tanure Sanabio (UFJF)
Diretoria de Comunicação e Tecnologia
Prof. Dr. George Lauro Ribeiro de Brito
Diretor de Convênios e Ingresso

Prof. Dr. Alessandro Gustavo Souza Arruda (UFMS)
Diretor Financeiro
Prof. Dr. Fernando Thiago (UFMS)



